全自動核酸提取儀可以進行液體分液、吸液等自動完成，甚至能通過整合擴增、檢測等功能，實現標本提取、擴增、檢測全自動化。提取核酸只是其功能的一個應用。
全自動核酸提取儀可以應用在疾病控制中心、臨床疾病診斷、輸血安全、法醫學鑒定、環境微生物檢測、食品安全檢測、畜牧業和分子生物學研究等多種領域。以磁珠為載體，利用磁珠在高鹽低PH值下吸附核酸，在低鹽高PH值下與核酸分離的原理，再通過移動磁珠或轉移液體來實現核酸的整個提取純化過程。
在核酸檢測實驗室拿到樣本之后，進行核酸檢測時，首先要做的就是使用自動核酸提取儀將樣本中的核酸提取出來，提取出的核酸直接關系到后續的檢測，一般核酸提取的主要步驟分為四步：裂解、吸附、洗滌和洗脫，每一步出現問題都會影響磁珠的提取效率。
洗滌是去除DNA以外的RNA、蛋白質等雜質。關系到核酸的純度，磁棒的振蕩幅度和混合時間會影響洗滌效率。磁棒振蕩幅度太小或混合時間太短，有雜質殘留在磁珠上會影響磁珠吸附核酸的能力。振蕩太劇烈或時間太長，會丟失部分核酸或造成核酸的斷裂、降解，得率下降。
洗脫是解離吸附在磁珠上的DNA，得到純度和濃度均很高的DNA，直接影響核酸得率，影響洗脫效率的因素有磁珠的干燥程度以及洗脫溫度和時間。磁珠未充分晾干，可能會有醇類等雜質殘留，影響后續PCR反應。
磁珠過分干燥，核酸可能會干結在磁珠上，導致洗脫效率下降。適當提高洗脫溫度和時間，有利于核酸從磁珠上游離下來，時間過長或溫度過高，核酸有可能會降解，需要把握其中的平衡。
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