一、
數字PCR儀之間的差別對實驗結果的影響。沒有任何兩臺PCR儀器的溫度控制是一模一樣的。相對于預設的溫度模塊溫度總是偏高或偏低，就是同一模塊不同的孔之間，溫度有時也會不一樣，相差可能達幾攝氏度之多。一些PCR儀溫度控制性能的不足造成的后果是：當PCR儀的模塊溫度在升溫時，溫度過沖或不足，不能準確的達到預設的平臺溫度。
二、溫度控制技術的差別對實驗結果的影響。導致PCR儀溫度控制性能優劣的因素，首先是溫度控制技術。調節PCR儀模塊的溫度，使其達到并保持在某一溫度有很多方式。每一種方式都有優點和缺點。另外，這些技術被運用控制的水平對于溫度控制的水準是很重要的，且有很大不同。大多數數字PCR儀的溫度控制性能是很差的。在單一或多傳感器控制機制上的不同顯而易見的引起了溫度的不均一性。
三、儀器老化對實驗結果的影響。雖然PCR儀沒有任何的機械或可移動部件，但是那并不意味著它不會磨損。電子器件的性能會隨著時間的延長而老化，并由于過度的使用而加速老化。Peltier器件的失效或磨損會引起模塊的熱斑或冷斑，通常PCR儀器不能識別這種由于機械磨損，模塊延展和收縮效應引起的溫控性能的不同。因此，為掌握這些情況，實時監測PCR儀的溫度控制性能是重要的。出于同樣的原因，PCR儀溫控性能的失常通常是實驗失敗或毀壞循環反應的重要原因。
四、外部因素對實驗結果的影響。不同數字PCR儀品牌與型號在溫度控制性能上的不同直接影響了三種溫度平臺的溫度的準確性和不均一性，因而影響了整個PCR反應的實驗結果。另外，升溫速度的不同，溫度下降梯度的不均一性，溫度過低，溫度過沖，也是重要的因素。最差的情況，一個本該陽性的結果卻可能得出陰性的結果。對于實時PCR，熒光信號輸出和產量/溶解曲線，直接與溫度控制有關系，而這些結果很可能是戲劇性的。
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